Договор о создании Национального депозитария Украины подписан ГКЦБФР и НБУ 18 декабря 1998 года. Государственная регистрация НДУ состоялась 17 мая 1999 года.
Национальный депозитарий Украины создан в соответствии с Законом Украины «О Национальной депозитарной системе и особенностях электронного обращения ценных бумаг в Украине» для обеспечения функционирования единой системы депозитарного учета.
До 12 октября 2013 года Национальный депозитарий Украины осуществлял профессиональную деятельность на фондовом рынке на основании выданных Государственной комиссией по ценным бумагам и фондовому рынку лицензии на осуществление депозитарной деятельности депозитария ценных бумаг сроком на десять лет и лицензии на осуществление расчетно-клиринговой деятельности сроком на десять лет.
12 октября 2013 года вступил в силу Закон Украины «О депозитарной системе Украины» (далее - Закон).
Согласно части 2 статьи 9 Закона Центральный депозитарий - юридическое лицо, которое функционирует в форме публичного акционерного общества в соответствии с Законом Украины “Об акционерных обществах” с учетом особенностей, установленных настоящим Законом. Акционерное общество приобретает статус Центрального депозитария со дня регистрации Государственной комиссией по ценным бумагам и фондовому рынку в установленном порядке Правил Центрального депозитария.
1 октября 2013 года Национальной комиссией по ценным бумагам и фондовому рынку зарегистрированы Правила Центрального депозитария ценных бумаг (решение Комиссии от 01.10.2013 № 2092), предоставленные Национальным депозитарием Украины.
Центральный депозитарий обеспечивает формирование и функционирование системы депозитарного учета ценных бумаг.
Центральный депозитарий ведет депозитарный учет всех эмиссионных ценных бумаг, кроме тех, учет которых ведет Национальный банк Украины в соответствии с компетенцией, определенной настоящим Законом.